José Reyes se convirtió en el jugador más joven en la historia de las Grandes Ligas en pegar cuadrangular de ambos lados del plato.
El 3 de agosto de 2006, Reyes firmó una extensión de contrato por cuatro años y $23.25 millones de dólares con los Mets, a fin de evitar el arbitraje salarial.
El contrato incluye una opción de $11 millones para el 2011, con un buy-out de 500,000 dólares si los Mets no recogen la opción. Reyes también recibió un bono por firmar de $1.5 millones de dólares.
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El 15 de agosto de 2006, Reyes conectó tres jonrones en una derrota de 11-4 contra los Filis de Filadelfia en el Citizens Bank Park de Filadelfia. Dos días más tarde, se convirtió en el segundo jugador en la historia de los Mets en registrar al menos 50 bases robadas en temporadas consecutivas.
El 7 de septiembre de 2006, Reyes bateó el primer cuadrangular de su carrera dentro del parque, contra los Dodgers de Los Angeles en el Shea Stadium. Reyes fue cronometrado en 14.81 segundos en su carrera alrededor de las bases – el equivalente a correr 100 metros planos en círculos en unos 13.5 segundos.5
A medida que la temporada de 2006 avanzaba, Reyes estaba en busca de una hazaña poco común – llegar a 20 jonrones, 20 triples, 20 dobles y 20 bases robadas.
Reyes terminó la temporada regular de 2006 con un promedio de.300, 19 jonrones, 81 carreras impulsadas, 122 carreras anotadas y 64 bases robadas en 153 juegos.
Aumentó su porcentaje de embasarse a 54 puntos, y su porcentaje de slugging fue de casi 100 puntos más que en 2005. La tasa de boletos tamodos por Reyes aumentó casi el doble – en 30 apariciones menos en el plato, pasó de 27 a 53 boletos.
También mostró una mejora similar en el campo de juego – en el año 2006 tenía un factor de rango de 3.86, el más bajo de todos los torpederos de Grandes Ligas.
Reyes ganó el premio Bate de Plata, fue seleccionado a su primer Juego de Estrellas, y terminó séptimo en la votación para Jugador Más Valioso de la Liga Nacional.
Los Mets aseguraron su lugar en los playoffs, y Reyes experimentó en la postemporada por primera vez en su carrera. Hizo su debut en los playoffs el 4 de octubre de 2006 contra los Dodgers de Los Angeles en la Serie Divisional de la Liga Nacional de 2006.
A pesar de que bateó apenas.167 en la serie, tuvo una gran actuación en situaciones clave, anotando la carrera del triunfo en el Juego 1, remolcando la carrera de la ventaja en el Juego 2, y tocando la carrera del empate en el sexto inning del Juego 3.
En el Juego 6 de la Serie de Campeonato de la Liga Nacional de 2006 contra los Cardenales de San Luis y frentando la eliminación, Reyes conectó un jonrón para abrir la primera entrada y reactivar a su equipo forzando un juego decisivo en el Juego 7, que los Mets perdieron 3-1.
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